Στα πλαίσια της καλλιέργειας των Στρατιωτικών αρετών,η Θρησκευτική αγωγή έρχεται να ενισχύσει και να εδραιώσει το ήθος και το σθένος των Σπουδαστών με τη συμμετοχή τους στη μυστηριακή ζωή της Εκκλησίας αλλά και με την ευαισθητοποίηση τους σε καίρια θέματα που τους απασχολούν σε σχέση με τον άνθρωπο και την κοινωνία.Οι σπουδαστές με πανηγυρική λαμπρότητα τιμούν τους προστάτες της Σχολής, τους Αγίους Αναργύρους, την 1η Ιουλίου κάθε έτους, στο ομώνυμο εκκλησάκι αποδίδοντας Στρατιωτικές τιμές.
Βάση μηνιαίου προγράμματος το οποίο εκδίδεται από τον υπεύθυνο στρατιωτικό ιερέα τελούνται τα μυστήρια και οι Ιερές Ακολουθίες κατά τις οποίες η προσέλευση των σπουδαστών είναι προαιρετική. Κάθε βδομάδα τις απογευματινές ώρες στον ελεύθερο χρόνο τους οι σπουδαστές έχουν την δυνατότητα να συναντούν τον στρατιωτικό ιερέα για θέματα που τους απασχολούν.
Στη σχολή δημιουργήθηκε και λειτουργεί βυζαντινή χορωδία από σπουδαστές της Σχολής.
Εντός του 2012 πραγματοποιήθηκαν εργασίες ανακαίνισης-συντήρησης του Ιερού Ναού κατά τις οποίες ολοκληρώθηκε το τέμπλο του Ιερού Ναού.
Η Σχολή διαθέτει ιδιαίτερο χώρο για την ενάσκηση των θρησκευτικών υποχρεώσεων των αλλοδαπών υποτρόφων.
